本實用新型公開了一種微生物代謝物多組分分離、純化及收集裝置，涉及微生物技術領域，包括樣品盤、壓縮空氣源、若干試劑瓶、真空泵和加液器，樣品盤上沿樣品盤的周向設置有若干組管結構，各組管結構包括由內向外設置的若干收集管、樣品管和萃取柱，萃取柱分別與各收集管連通，真空泵分別與各收集管連通，壓縮空氣源分別通過管路與各試劑瓶和樣品管連通，各試劑瓶和樣品管分別與加液器連通，加液器與萃取柱的位置相對應。本實用新型能夠實現大量樣品的處理，用于土壤微生物代謝物，如磷脂脂肪酸等混合樣品的多組分分離、純化和收集，適合于科學研究和環(huán)境檢測部門對多組分有機物的分離、純化和收集等，實現樣品的高通量、前處理。